V roce 1997 založil společně s Tomášem Machkem Studio Machek&Babák, od roku 2002 vede vlastní grafické studio Laboratoř. Zde vznikl například komplexní vizuální styl a informační systém pro Národní technickou knihovnu v Praze a řada dalších vizuálních prezentací, např. projektu Tranzitdisplay, FAMU, AMU aj.
V rámci Laboratoře vznikla řada monografií a katalogů současných umělců (např. Jána Mančušky, Krištofa Kintery, Kateřiny Šedé, Federica Diaze, Jiřího Kovandy a dalších), výstavních katalogů (např. Ladislav Sutnar: Praha–New York. Design in Action, 2003, Český filmový plakát 20. století) a webových prezentací (UPM v Praze, NFA, FAMU, mmcité aj.). Petr Babák byl spoluzakladatelem a členem redakční rady časopisu Deleatur a pravidelně publikuje v četných periodikách. Je autorem experimentálních písem Prkno, Řezan, Šijan a Trhan.